Antes de começar (obrigatório para controlados)
Tenha em mãos lote, validade e fabricação dos medicamentos (essas informações alimentam o SNGPC para dar baixa correta no inventário da Anvisa). Você pode conferir na caixa e no cadastro do produto.
Abrir a Movimentação para emitir a NF-e de perda
Acesse: Admin Retaguarda > Produtos > Movimentação > Movimentação (em um computador com Certificado Digital e Uninfe configurados).
Parâmetros fiscais da nota de perda
No campo CFOP, selecione 5927 (uso próprio para perdas, roubos e avarias).
Em Fornecedor, informe o cadastro da própria farmácia (caso não haja empresa de recolhimento).
Lançar os itens (com seus lotes)
Em Produto, leia o código de barras ou pesquise por nome/código interno; informe quantidade, lote, vencimento e fabricação e clique em Incluir Item.
Atenção: se houver mais de um lote do mesmo produto, inclua novamente o item para cada lote.

Gerar a movimentação e emitir a NF-e
Clique em Mov e depois OK para levar os itens para a emissão.
Na tela da nota, confira os dados e clique em Gerar NF-e.
Ao final, confirme a mensagem exibida de que o item foi inserido em perdas:

Conferência no módulo de Controlados (Perdas)
Após a emissão, valide em Admin Retaguarda > Produtos > Controlado > Perda; nessa tela é possível alterar o motivo da saída (avaria, furto etc.).
Envio ao SNGPC
A baixa no inventário da Anvisa (SNGPC) ocorre depois do envio da movimentação do período em que a nota foi gerada.
Relatórios úteis (controle/validação)
Para acompanhar e comprovar, use os relatórios em Produtos > Controlado > Perdas:
Controlado Perdas – Valor
Espelho de Envio (Perdas)